Nadat ze haar ouders is verloren bij een mysterieuze brand, wordt de negenjarige Alice Hart grootgebracht door haar oma June op een bloemenkwekerij waar ze ontdekt dat er geheimen binnen geheimen zijn. Na jaren wordt Alice door verraad gedwongen haar verleden onder ogen te zien.
Door de dood van zijn verloofde is schaakmeester Arkady Balagan agorafobisch en niet meer bereid zijn hotel te verlaten. Deze verzwakking weerhoudt hem er echter niet van om moeilijke misdaden op te lossen.
Het verhaal draait om een eerstejaars middelbare scholier, Teiichi Niiya, die zich net had ingeschreven aan de Seikyou Private Academy. Wanneer hij verdwaalt in een van de oude schoolgebouwen, ontmoet hij een meisje genaamd Yuuko Kanoe, die zichzelf openbaart als een geest zonder herinneringen. Teiichi besluit vervolgens haar dood te onderzoeken door samen met Kirie Kanoe, Yuuko's familielid, en de onbewuste tweedejaars Momoe Okonogi diep in de beruchte Zeven Mysteries van de legendarische school te duiken. Door het hele verhaal heen ontdekken Teiichi en Yuuko de waarheid over deze spookverhalen en helpen ze degenen die in de problemen zitten, terwijl ze steeds dichter bij de waarheid achter Yuuko's dood komen.
Ayaka Kisaragi is een mooie vrouw die afstamt van een lange rij Japanse exorcisten. Echter, verveeld door hun tradities, startte ze haar eigen bedrijf, Phantom Quest Corp. Hoewel ze zeer bekwaam is met haar vaardigheden,schaden Ayaka's slechte gewoonten vaak de schamele inkomsten van het bedrijf , belemmeren ze de betaling van de verschillende experts van wier hulp ze gewoonlijk afhankelijk is. .
Het vertelt het verhaal van Shen Zhiheng, een heer en beroemdheid in de Republiek China, en Mi Lan, de dochter van een rijke zakenman, die al sinds haar kindertijd blind is. Ze ontmoetten elkaar op een noodlottige nacht toen Mi Lan per ongeluk visioen kreeg, waardoor Shen Zhiheng's geheim van zijn onsterfelijkheid werd ontdekt. Vanaf dat moment zijn ze aan elkaar gebonden en hebben ze elkaar sindsdien verlost.
Sharaku Homonji is de oudste zoon van een vooraanstaande familie die al generaties lang misdaad bestudeert. De oudste zoon uit de Homonji-familie heeft al generaties lang een IQ van 246 getest en Sharaku Homonji heeft een IQ van 246. Soko Wato is een detective. Op een dag wordt ze toegewezen aan onderzoekssectie #1. Haar taak daar is niet het onderzoeken van misdaden, maar het begeleiden van Sharaku
