Een weesmeisje dat op school wordt gepest, raakt door een ongeluk haar geheugen kwijt. Anderen denken dat ze een vermist meisje is dat precies op haar lijkt.
Het verhaal speelt zich af, 10 jaar na de plot van de videogame "Persona 3" - waar de held het einde van de wereld vermeed veroorzaakt door "schaduwen" - in de stad Ayanagi, vlakbij de Zee van Japan. Deze stad werd gebouwd om de schade te verlichten die was veroorzaakt door de plaag van het "Apathie Syndroom", die tien jaar eerder plaatsvond.
Een middelbare scholier, Shin Kanzato, en zijn jongere broer Jun keren terug naar het huis van hun oudere broer Ryo. Deze laatste is al tien jaar hoofd van de politie van Ayanagi. Op dit moment vindt er een reeks vreemde gebeurtenissen plaats in de stad Ayanagi, zoals de plotselinge verdwijning van de bemanning van een onderzeeër tijdens het duiken of het geval van het onherkenbare lichaam van een student die een gruwelijk uiterlijk heeft aangenomen. Ryo spoort de organisatie achter deze opeenvolging van incidenten op en gebruikt zijn "Persona" - astrale lichaamsprojectie om te vechten tegen "schaduwen".
Anna is een teruggetrokken voormalig nieuwslezeres die geobsedeerd raakt door een moordzaak in haar geboorteplaats. Rechercheur Jack Harper, die Anna's betrokkenheid wantrouwt, brengt haar in het vizier van zijn onderzoek.
Martin Mystery heeft een passie voor alles wat paranormaal is. Als hij niet op school is, werkt deze tienerliefhebber van bovennatuurlijke slijk undercover voor een geheim bureau dat gespecialiseerd is in mysterieuze verschijnselen. Samen met zijn oudere stiefzus Diana, Java (een enorme holbewoner die verdwaald is in de tijd) en Billy (een klein groen zwevend wezen), onderzoekt hij vreemde wonderen. Martin barst altijd van de energie en denkt zelden na voordat hij springt. Diana is zijn beschermengel – een echte A-student, zij brengt de hersenen naar hun missies. Heb je een zombie, alien of geest gezien? Bel Martin Mysterie.
Carrie is een mysterieuze krijger die is ontsnapt uit een sekteachtige kolonie die de wereld beschermt tegen monsters die verborgen zijn achter een geheime deur in het bos.
Die winter zorgde een gruwelijke misdaad ervoor dat ervaren politiecommissaris Peng Zhaolin diep geschokt was. Tien jaar eerder was hij onbewust de verdachte, Deng Ligang tegengekomen, waardoor hij een cruciale kans had gemist om de misdaadgolf te stoppen. Ondanks een meedogenloze achtervolging verdwenen de criminelen spoorloos. Jaren later komt er een nieuwe aanwijzing naar voren, wat Peng Zhaolin en de jonge officier Zhen Zhen ertoe aanzet de zaak te heropenen en gerechtigheid te zoeken voor de slachtoffers.
Gebaseerd op de boeken van Parnell Hall, ziet de serie Cora, die onlangs met haar nicht naar het slaperige Engelse stadje Bakerbury is verhuisd, gevraagd om de lokale politie te helpen met een vreemde moord waar een kruiswoordpuzzel op het lichaam wordt achtergelaten.
