Ryuji Takasu is eigenlijk een normale middelbare scholier - ware het niet dat zijn vader hem ogen heeft nagelaten waar ieders bloed van koud van wordt. Hij moet dus in het reine komen met het feit dat de meeste mensen denken dat hij een vervelende misdadiger is en dat hij ondanks zijn minzame karakter nauwelijks vrienden heeft. Maar dat zou niet zijn enige probleem moeten zijn, want net op tijd voor de start van het nieuwe schooljaar ontmoet hij de enige persoon op de school die nog gevreesder is dan hij, namelijk Taiga Aisaka, ook wel bekend als de Palmtop Tiger. Het duurt niet lang voordat de twee erachter komen dat ze elk stiekem van elkaars vriendje houden - en dus vormen ze een soort alliantie.
Drie jonge meisjes, worden tijdens een excursie naar de Tokyo Tower vervoerd naar een magische wereld genaamd Cephiro. Ze worden al snel begroet door Meester Mage Clef, die hen uitlegt dat ze zijn opgeroepen om de Legendary Magic Knights te worden en Cephiro te redden. De meisjes zijn niet bepaald enthousiast over dit idee en willen alleen maar naar huis terugkeren. Clef legt verder uit dat ze op zoek moeten gaan naar de drie Runegoden om hen te helpen vechten. Hij schenkt elk van hen pantsers en magische krachten. Ze vernemen van Clef dat hogepriester Zagato de pijler van Cephiro, prinses Emeraude, heeft ontvoerd. De Zuil van Cephiro heeft als enige de verantwoordelijkheid om Cephiro levend en in evenwicht te houden met haar gebeden. Zonder prinses Emeraude zou Cephiro in verval raken.
Het speelt zich af in een wereld waar het concept van muziek ophoudt te bestaan. Het verhaal begint wanneer een jongen Myuu tegenkomt, een mysterieus meisje dat een audio-ingang in haar lichaam heeft. De twee vermengen zich met de geschiedenis van de rockmuziek en beginnen aan een onvergetelijke reis.
Takeo Goda is een gigantische man met een gigantisch hart. Jammer dat de meiden hem niet willen! (Ze kiezen altijd voor zijn knappe beste vriend, Makoto Sunakawa.) Takeo is gewend aan de zijlijn te staan, staat gewoon rechtop en accepteert zijn lot. Maar op een dag wanneer hij een meisje genaamd Rinko Yamato redt van een pester in de trein, neemt zijn (liefdes!) leven plotseling een ongelooflijke wending! Takeo kan het nauwelijks geloven als hij Rinko weer tegenkomt en merkt dat hij verliefd op haar wordt... Maar maakt Takeo, met de knappe Suna in de buurt, wel een kans?
De hoofdpersoon stopt in haar tweede jaar met de middelbare school en wil naar de universiteit gaan terwijl ze alleen in Tokio werkt. Een meisje wordt verraden door haar vrienden en weet niet wat ze moet doen. Een ander meisje wordt door haar ouders in de steek gelaten en probeert in de stad te overleven door parttime te werken. Deze wereld laat ons voortdurend in de steek. Niets gaat zoals gepland. Maar we willen iets dat we leuk kunnen blijven vinden. Wij geloven dat er een plek is waar we thuishoren. Daarom zingen wij.
Brandend van ambitie om de mooiste vrouw, de meest gerenommeerde wetenschapper en de grootste held te worden die de wereld ooit heeft gekend, verenigen drie schurken, Atasha, Sekobitchi en Duwarusuki, zich. Het trio zijn Time Patrollers, de bewaarders en beschermers van de annalen van de geschiedenis. Maar dit is slechts een dekmantel voor het trio, aangezien de schurken een bondgenootschap hebben met een snode leider, die probeert de loop van de geschiedenis te veranderen om aan zijn wensen te voldoen, en, onder zijn instructies, het trio in de tijd reist met als doel knoeien met de geschreven geschiedenis. Alleen Hikaru en Nana, vermomd als de Otasukemen, staan tussen de schurken en hun doelen.
De 18-jarige middelbare scholier Kukuru werkt in het Gama-Gama Aquarium in Okinawa en kent het ‘geheim’ van het aquarium, want daar gebeuren soms heel mysterieuze dingen. Op een dag ontmoet ze het meisje Fūka, die met een droevige uitdrukking op haar gezicht voor een van de watertanks staat. Ze gaf haar droom om een idool te worden op en vluchtte naar Okinawa. Omdat ze niet weet waar ze heen moet, vraagt ze Kukuru om een baan bij het aquarium, maar de twee worden al snel geconfronteerd met de dreigende crisis van een mogelijke sluiting...
Waarom is zeewater zout? Wat zorgt ervoor dat vulkanen uitbarsten? Waarom vallen er geen door de mens gemaakte satellieten uit de lucht? Wat maakt mensen slaperig? Antwoorden op deze vragen en meer staan in deze geanimeerde titel waarin onderwerpen als natuur, gebruiken en technologie worden onderzocht.
