De langverwachte wedergeboorte van het grootste superheldenteam aller tijden: Batman, Superman, Wonder Woman, The Flash, Hawkgirl, Green Lantern en Martian Manhunter.
Kyousuke Kousaka"s jongere zus Kirino is mooi, populair en werkt zelfs als model, dus ze torent duidelijk boven haar broer uit op sociaal gebied. Hij kent ook alleen deze kant van haar en is dan ook verbaasd als hij er op een dag bij toeval achter komt dat ze stiekem een eroge otaku is. In tegenstelling tot Kirino"s aanvankelijke bezorgdheid, ziet hij ook geen reden om haar onzedelijke hobby te verraden, en daarom wordt hij al snel haar gesprekspartner en lakei terwijl zij haar obsessie blijft nastreven.
De 18-jarige middelbare scholier Kukuru werkt in het Gama-Gama Aquarium in Okinawa en kent het ‘geheim’ van het aquarium, want daar gebeuren soms heel mysterieuze dingen. Op een dag ontmoet ze het meisje Fūka, die met een droevige uitdrukking op haar gezicht voor een van de watertanks staat. Ze gaf haar droom om een idool te worden op en vluchtte naar Okinawa. Omdat ze niet weet waar ze heen moet, vraagt ze Kukuru om een baan bij het aquarium, maar de twee worden al snel geconfronteerd met de dreigende crisis van een mogelijke sluiting...
Op een school in het noordoosten van Japan zweren vijf vrienden van de animatieclub, Aoi, Ema, Shizuka, Misa en Midori, dat ze een nieuwe anime genaamd 'Shinbutsu Konkou SHICHIFUKUJIN' zullen voltooien met wat donuts. Sindsdien besteden de vijf dag na dag al hun tijd aan anime-productie. Het ontzag om van ruwe schetsen naar animatie te gaan, en het ongemakkelijke acteren tijdens de after-opnamesessie... Een half jaar later was het eindproduct op de cultuurbeurs klaar. Nadat ze waren afgestudeerd, waren ze nog steeds bezig met animatie en zworen ze bij een paar donuts dat ze samen nog een anime zouden maken.
Shuichi Kagaya is een gewone middelbare scholier in een saai stadje. Maar wanneer een mooie klasgenoot betrokken raakt bij een brand in een pakhuis, ontdekt hij een mysterieuze kracht: hij kan veranderen in een harige hond met een extra grote revolver en een ritssluiting op zijn rug. Hij redt het leven van het meisje en deelt zijn geheim met haar. Maar ze is op zoek naar de zuster die haar familie heeft vermoord, en het maakt haar niet uit hoe vernederend het wordt: ze zal Shuichi gebruiken om haar missie te volbrengen...
De Duistere Heer Leonis ontwaakt na duizend jaar uit een magische stilstand en bevindt zich plotseling in het lichaam van een tienjarige jongen! Hij ontmoet snel Riselia, een meisje dat de confrontatie aangaat met de Voids, wezens die de mensheid bijna hebben uitgeroeid. Vastbesloten om de mysteries van dit vreemde nieuwe tijdperk te ontrafelen, schrijft Leonis zich in voor de Excalibur Academy, een school die studenten opleidt om terug te vechten tegen deze raadselachtige monsters. Zouden de Voids een verband kunnen hebben met het verleden van Leonis?
De stad Constellation is de thuisbasis van de "Next": superhelden met speciale vaardigheden. Deze helden lossen zaken op en redden levens om sponsoring te verdienen of "Heldenpunten" te verzamelen. Hun heldendaden worden gedocumenteerd in het populaire programma "Hero TV", dat jaarlijks de "Koning der Helden" kiest.De ervaren held Wild Tiger werkte altijd het liefst alleen, maar nu heeft hij een nieuweling toegewezen gekregen, genaamd Barnaby Brooks Jr., die een andere kijk heeft op het leven als superheld.
Seth is een aspirant-tovenaar uit het Pompo Hills-gebied. Zoals alle tovenaars is hij een 'geïnfecteerde', een van de weinige levende wezens die het contact van de Nemesis hebben overleefd, wezens die uit de lucht zijn gevallen en alles wat ze aanraken besmetten en decimeren. Omdat hij er immuun voor is, wil Seth een jager worden en de Nemesis bevechten. Maar meer nog: Seth wil meedoen aan een zoektocht die verder gaat dan alleen het zoeken naar monsters. Hij wil de Radiant vinden, zijn vermeende geboorteplaats. Geholpen door een groep collega-tovenaars reist hij de wereld rond op zoek naar de Radiant, onder het harde toezicht van de Inquisitie.
Angel Beats vindt plaats in het hiernamaals en richt zich op Otonashi, een jongen die zijn herinneringen aan zijn leven verloor na het sterven. Hij is ingeschreven voor de hiernamaals school en ontmoet een meisje genaamd Yuri dat hem uitnodigt om lid te worden van het Battlefront van het hiernamaals - een organisatie die ze leidt die tegen God vecht. De Battlefront vecht tegen de studentenraad President Angel, een meisje met bovennatuurlijke krachten.
Medium Yoh Asakura doet mee aan een toernooi dat elke 500 jaar wordt gehouden en waarin de andere sjamanen strijden om de supermachtige sjamaankoning te worden.
Hayato Hayasugi (zijn achternaam is een woordspeling op de woorden voor 'te snel') en andere kinderen zullen dienen als dirigenten om de Shinkalion te besturen. De Shinkalion-robots zijn verschillende modellen van echte Japanse kogeltreinen (shinkansen) die veranderen in robots om een onbekend kwaad te bestrijden om de veiligheid en vrede van Japan te beschermen.
De kinderen moeten samenwerken met de volwassenen van het Shinkansen Ultra Evolution Institute (SUEI) om een monster te verslaan dat lijkt op een gitzwarte kogeltrein.
