De Stamhouder vertelt het verhaal van Alexander Münninghoff (Matthijs van de Sande Bakhuyzen) die eind jaren ‘60 als een blok valt voor de zelfverzekerde, vrijgevochten Ellen (Sallie Harmsen). Wanneer hij na een mooie liefdesnacht bekent dat zijn vader, Frans Münninghoff, tijdens de oorlog een SS’er was, reageert Ellen echter afwijzend. Haar familie heeft zwaar geleden onder de oorlog. Ze verdwijnt uit zijn leven… om er een goede maand later weer in te verschijnen. Ze is zwanger. De twintigers willen het kind houden en besluiten te trouwen. Maar dan wel op voorwaarde dat Alexander afrekent met zijn duistere familieverleden. Alexander komt erachter dat hij maar bitter weinig weet over zijn ouders en grootvader (Gijs Scholten van Aschat).
Tussen 1938 en 1948,het hoogtepunt van het fascistische regime in Italië tot het einde van de tumultueuze naoorlogse periode, onderzoekt Chief Detective De Luca misdaden in de stad Bologna en langs de Adriatische kust. Met weinig of geen achting voor degenen die aan de macht zijn, wie ze ook zijn, brengt zijn eenzame, compromisloze karakter hem vaak in de problemen, maar zijn respect is voorbehouden aan de waarheid en gerechtigheid alleen.
In 1944 geloofden veel Duitsers in Oost-Pruisen, net als Lena von Mahlenberg, dochter van een plaatselijke aristocraat, dat Hitler zich zou overgeven en hen zou behoeden voor een invasie door het wraakzuchtige Russische Rode Leger. Dat deed hij niet en ze moesten vluchten.