Jonny, zijn vader, een wetenschapper, lijfwacht 'Race' Bannon, zijn Indiase vriend Hadji en de bulldog Bandit van de stripfamilie reizen de wereld rond, onderzoeken vreemde zaken en vechten tegen een overvloed aan vijanden (waaronder zijn oude vijand Dr. Zin).
In de jaren 2030 is de aarde overspoeld door de blauwe, gemuteerde insectachtige wezens die mensen doden en oogsten voor voedsel. Het grootste deel van de overlevende mensheid is verhuisd naar Second Earth, een enorm ruimteschip dat in een baan om de planeet draait. Yuji en Marlene moeten samenwerken om Second Earth te bereiken en tegen de Blue te vechten.
Avidya Zone - een plek waar een vervormde en allesverslindende duisternis de overhand heeft gekregen. Te midden van deze duisternis wonen de Imashima, wezens die de vorm aannemen van menselijke angsten en wanhoop.
Een expeditieteam gaat op reis om de Avidya Zone te verkennen, die menselijke zielen verslindt. Maar kunnen acht jongens en meisjes een mooie toekomst buiten de Avidya-zone vinden in het aangezicht van de Imashima? Zijn zij in staat het complexe verband tussen het heden (met de dreigende crisis) en het lot van het verleden onder ogen te zien?
Het gerenommeerde Insurance International Co. heeft een informatienetwerk opgezet, geleid door detective Jack Clementi, om zich te verdedigen tegen verzekeringsfraude. Jack heeft het bedrijf enorme hoeveelheden geld bespaard tijdens zijn succesvolle onderzoeken en zijn bazen zijn meer dan bereid om zijn bruuske manieren, zijn onthutsende eerlijkheid en zijn intolerantie voor elke vorm van bedrijfsbureaucratie te accepteren. Toch is hij een grote jongen met een enorm hart.
Sanshiro, een tiener krijgskunstenaar, traint in de Kurenai-jiujitsu-school en zoekt naar de moordenaar van zijn vader. Sanshiro wordt vergezeld door een weesjongen genaamd Kenbo en zijn hond Boke. Sanshiro's enige aanwijzing voor de moordenaar van zijn vader is een glazen oog dat op de plaats van de misdaad is achtergelaten, wat erop wijst dat de moordenaar van zijn vader eenogig was.
