De inwoners van het plaatsje Perfection, Nevada, proberen samen te leven met de Graboids en hun nakomelingen: de Shriekers en de Ass-Blasters. Ze mogen de beesten niet doden want ze staan op de lijst van beschermde diersoorten. Ondertussen krijgen ze ook te maken met mislukte overheidsexperimenten, gestoorde wetenschappers en meedogenloze landarchitecten.
Tijdens de Grote Titanenoorlog heeft een ras van reuzen genaamd Titans de mensheid bijna uitgeroeid. De overlevenden bouwden drie concentrische muren die hoog genoeg waren om de Titanen buiten te houden, maar een eeuw na dat tijdperk van vrede verscheen plotseling de Kolossale Titan en schopte een gat door de Buitenmuur, waardoor andere Titanen erdoorheen konden stromen. De mensheid wordt gedwongen zich terug te trekken achter de Middenmuur en begint haar vergeldingsmaatregelen te plannen.
Zes jaar na de nederlaag die Yugo en zijn team Qilby hebben toegebracht, vloeien er opnieuw tranen in Amalia's koninkrijk. Om dit te voorkomen moeten de helden de zes vermiste Dofu’s vinden.