In de nabije toekomst vertelt Sophie haar zoon hoe ze zijn vader ontmoette. Het verhaal brengt ons terug naar het heden, waar Sophie en haar hechte vriendengroep aan het uitzoeken zijn wie ze zijn, wat ze willen in het leven en hoe ze verliefd kunnen worden in het tijdperk van datingapps en grenzeloze mogelijkheden.
In het jaar 2002 kan het voorheen machtige Japanse herenturnteamlid Jotaro Aragaki niet meer meedoen. Hoewel hij dagelijks intensief trainde, wordt hem door zijn coach Amakusa gevraagd of hij met pensioen wil gaan. Een bepaalde ontmoeting verandert echter het lot van Aragaki.
Lain – gedreven door de abrupte zelfmoord van een klasgenoot – logt in op de Wired en verliest zichzelf prompt in een verwrongen massa van hallucinaties, herinneringen en onderling verbonden psyches.
Dodge Maynard heeft gehoord dat hij kanker heeft. In een poging om zijn zwangere vrouw goed achter te laten als hij er niet meer is, neemt hij een aanbod aan van een mysterieuze zakenman, Miles Seller, om deel te nemen aan een dodelijk spel waar hij wordt opgejaagd door onbekende mensen. Wanneer hij het overleeft ontvangt hij 24,5 miljoen dollar. Genoeg geld voor zijn vrouw om een comfortabel leven te leiden.