Danganronpa 3: Despair speelt zich af vóór de gebeurtenissen uit Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Chisa Yukizome is een nieuwe leraar aan de Hope's Peak Academy en wordt de directeur van klas 77. Ondertussen biedt een talentloze leerling uit het reservaat zich vrijwillig aan om experimenten te ondergaan die gericht zijn op het creëren van de 'Ultieme Hoop'. Het verhaal volgt alle gebeurtenissen die aanleiding zullen geven tot de “Ultieme Wanhoop” en vervolgens tot de Tragedie4.
Saku Oyagi keert terug naar zijn oude geboorteplaats om naar de Soei High School te gaan. Op de eerste dag komt hij een oude jeugdvriend tegen: een tweedejaars genaamd Mihoshi Akeno. Als kinderen speelden de twee samen, waarbij Mihoshi, of Mii-chan, dol was op astronomie. Nadat ze Saku heeft overtuigd om lid te worden van de astronomieclub van de school, voegt een ander meisje, Hime Makita, zich bij de club in de hoop Saku voor zich te winnen. Dit is het verhaal van de zes clubleden van de Soei High School Astronomy Club terwijl ze door hun leven vliegen, waarbij ze allemaal volwassen worden en hun kijk op het leven veranderen.
Na een noodlanding op aarde proberen twee koninklijke buitenaardse tieners door te gaan voor mensen om te ontsnappen aan intergalactische premiejagers.
Niemand heeft erom gevraagd een kat te zijn! Nadat een ridder is gestorven in een gevecht tegen de krachten van het kwaad, is hij geschokt als hij ontdekt dat hij, in plaats van herboren te worden als een held van de mensheid, zijn nieuwe leven begint als een kolos: een van de machtigste monsters ter wereld! Het enige probleem is dat een babygigant ontzettend veel lijkt op... een schattige huiskat?! De zaken worden nog verwarrender wanneer een mooie elf avonturier hem van de rand van de dood redt in plaats van hem af te maken. De verbijsterende reis van deze huiskat-slash-ridder is nog maar net begonnen...
Mitsuyoshi Tada is een jonge middelbare scholier die lid is van de fotoclub en in het café van zijn grootvader werkt als hij vrije tijd heeft. Ondanks dat hij in zijn tweede jaar van de middelbare school zit, heeft hij echter nooit liefde gekend. Op een dag, terwijl hij foto's maakte van de kersenbloesems, ontmoette hij Teresa Wagner, een transferstudente uit Luxemburg. Bij aankomst in Japan raakte ze verdwaald en werd ze gescheiden van haar reisgenoot. Mitsuyoshi besluit haar te helpen door haar mee te nemen naar het café van zijn grootvader.
Het verhaal speelt zich af op Tonakishima, een klein eiland met 600 inwoners. Hana, een middelbare scholiere die op het eiland woont, houdt van recitals en houdt regelmatig leessessies voor de kinderen van het eiland. Mizuki, de president van de Broadcasting Club, voelt Hana's kracht om mensen aan te trekken door middel van haar lezingen en nodigt haar uit om lid te worden van de club. Hana wordt lid van de Broadcasting Club en beleeft vele primeurs met de andere leden.
Het verhaal speelt zich af tussen de Kamakura- en Muromachi-periodes, tijdens de Kenmu-restauratie, en volgt het verhaal van Hojo Tokiyuki, een jongen die op de vlucht is nadat zijn familie is omvergeworpen door Ashikaga Takauji. Omdat zijn enige bondgenoten een duistere priester en zijn volgelingen zijn, moet de jonge heer wraak zoeken en zijn glorie herwinnen, met zijn enige wapen: een bovenmenselijk vermogen om te vluchten en zich te verstoppen.
In seizoen één van The Second Best Hospital in the Galaxy krijgen Sleech en Klak een gevaarlijke en mogelijk baanbrekende zaak en zo het bestaan zelf in gevaar brengen. Hoewel met hun verschrikkelijke persoonlijke leven de vergetelheid misschien een verbetering is.
Het speelt zich af in New York in de jaren twintig en volgt het verhaal van Rosette Christopher en haar demonenpartner Chrono. Als leden van de Magdalena Orde reizen ze door het land om demonische bedreigingen voor de samenleving te elimineren, terwijl Rosette op zoek gaat naar haar verloren broer Joshua.
Er is een plaats na de dood die noch hemel noch hel is. Een reep die je één kans geeft om te winnen. Je kunt pas weggaan als het spel voorbij is, en als dat zo is, kan jouw leven dat ook zijn.
Op een dag ontvangt Miu Takigawa plotseling een brief waarin staat dat ze is uitgekozen als lid van een gloednieuw project. Half vol ongeloof gaat ze naar de locatie die op de brief staat. Daar vindt ze zeven andere meisjes die daar op dezelfde manier zijn opgeroepen. De meisjes aanschouwen een gigantische, uiterst geheime faciliteit. Ze staan verbijsterd als ze te horen krijgen: 'Je gaat als idoolgroep debuteren bij een groot platenlabel.' Een nieuw soort idool, nog nooit eerder gezien, staat op het punt hier geboren te worden...
Mary Saotome is vastbesloten om hogerop te komen en investeert alles wat ze heeft in wat haar elitaire middelbare school het meest waardeert: gokken met hoge inzet.
