Naota is een normale jongen die een keer de tijd door brengt met een normaal meisje bij een beekje dat onder een brug door stroomt. Er gebeurt niets ongewoons in deze stad. Het feit dat Haruhara Haruko korte tijd later met haar Vespa tegen de hoofdpersoon aanbotst en hem vervolgens met haar Rickenbacker 4003 basgitaar op het hoofd slaat, maakt hier niet echt iets uit voor een andere dag. De op het eerste gezicht onsamenhangende, bizarre gebeurtenissen die geen enkel patroon lijken te volgen, veranderen ook niets aan Naota's saaie leven – want er gebeurt nooit iets ongelooflijks in deze stad.
Okazaki Tomoya verveelt zich in het leven. Hij heeft een gespannen relatie met zijn vader en gaat niet regelmatig naar school. Op een dag ontmoet hij Furukawa Nagisa. Nagisa, die wegens ziekte het jaar overdoet, heeft in het nieuwe jaar nauwelijks vrienden en is teleurgesteld dat de schooltheatergroep niet meer bestaat. De twee worden vrienden. Tomoya steunt Nagisa in haar wens om een nieuw theatergezelschap op te richten. De twee leren snel nieuwe mensen kennen. Geïnspireerd door zijn ontmoeting met Nagisa begint Tomoya ook met andere ogen naar zijn leven te kijken...
Tien jaar geleden verscheen er in Zuid-Amerika een mysterieuze ruimtelijke anomalie die nu bekend staat als 'Heaven's Gate', kort daarna gevolgd door de opening van 'Hell's Gate' in Tokio, die de lucht veranderde en grote schade aanrichtte in het landschap. De echte sterren verdwenen en werden vervangen door valse sterren. Gedurende deze tijd ontstonden er mensen met verschillende speciale vaardigheden – 'Contractors' genoemd –, die allemaal in staat waren tot verschillende bovennatuurlijke prestaties. Na de rampzalige Heaven's War verloren de Verenigde Staten hun dominante positie als supermacht aan een mysterieuze organisatie genaamd het Syndicaat. Het verhaal draait om een Chinese aannemer met de codenaam 'Hei' die verschillende spionage- en moordmissies uitvoert in Tokio.
Op een dag, tijdens het spelen van de online game Elder Tales, komen 30.000 spelers plotseling vast te zitten in een andere wereld. Daar blijft ook de achtjarige ervaren gamer Shiroe achter. De gevangen spelers leven nog, maar blijven in gevecht met de monsters. De spelers begrijpen niet wat er met hen is gebeurd en vluchten naar Akiba, de grootste stad van Tokio, waar ze in chaos terechtkomen. Ooit trots op zijn eenzame levensstijl, vormt Shiroe een gilde genaamd Log Horizon met zijn oude vriend Naotsugu, vrouwelijke huurmoordenaar Akatsuki en anderen.
Connor, Amaya en Greg zijn overdag gewone zesjarigen. 's Nachts nemen ze echter de identiteit aan van Catboy, Owlette en Gekko. Samen stoppen ze de criminaliteit, lossen ze mysteries op en leren ze waardevolle dingen.
De 15-jarige Yuji Sakai is vermoord door een demonisch wezen en heeft zijn levenskracht vervangen door een vlam die elke dag dooft. Als de vlam dooft, zal niemand zich herinneren dat hij ooit leefde. Zo ontmoet hij Shana: een krijger met een brandend zwaard en de wil van een god als haar gids. De twee vormen een band als Yuji Shana"s medeplichtige wordt in haar strijd om het evenwicht tussen de gewone wereld en de hare te bewaren.
De setting van het verhaal is een fictieve wereld van overvloedige steden waar mensen samengaan met demonen genaamd Yoma. Deze monsters voeden zich met mensen als hun belangrijkste bron van voedsel, zich verstoppen in de menselijke samenleving totdat ze toeslaan. Een groep bekwame krijgers vormt een naamloze organisatie om mensen tegen deze demonen te beschermen. Deze krijgers worden Claymores genoemd, naar hun immense Claymore-wapens. Ze vermengen zich gewillig met demonenvlees en bloed om krachtige half menselijke hybriden te worden. Dorpen met een aanvalsrisico huren strijders van de organisatie in voor bescherming. Het verhaal van Claymore volgt de avonturen van de mooie Claymore-krijger Claire, die demonen bevecht en worstelt om haar menselijkheid vast te houden. Lang geleden namen de Yoma, de vorm veranderende demonen, de menselijke vorm aan om in vermomming onder hen te leven. Gebaseerd op een shounen manga van Yagi Norihiro geserialiseerd in Monthly Shounen Jump.
Shirayuki, een jong meisje, werd geboren met uniek appelrood haar. Ze ontmoet een beroemde maar dwaze prins genaamd Raji, die onmiddellijk verliefd wordt op Shirayuki en wil dat zij zijn concubine wordt. Shirayuki knipt haar haar korter en vlucht naar het buurland. Terwijl ze door het bos dwaalt, ontmoet ze een jongen genaamd Zen, wiens wonden ze geneest, maar die vervolgens wordt vergiftigd door een appel die bedoeld is voor Shirayuki. Ondertussen stuurt prins Raji zijn handlangers om Shirayuki te zoeken. Wat zal er met Shirayuki gebeuren? En wat voor soort persoon is Zen eigenlijk?
Ter voorbereiding op het gevecht met zijn vader gaat Baki naar de staatsgevangenis van Arizona om het op te nemen tegen een beruchte gevangene met de naam Mr. Unchained.
Tijdens een concert van het populaire zangduo 'Zwei Wing' vallen monsters genaamd 'Noise' plotseling aan en beginnen het publiek te doden. Het meisje Hibiki ziet haar zekere dood al aankomen als Tsubasa en Kanade, de zangers van Zwei Wing, plotseling transformeren en tegen de monsters beginnen te vechten. Voor Hibiki zou deze dag een noodlottig keerpunt worden dat haar leven en toekomst voor altijd zou beïnvloeden.
5 kinderen ontvangen vreemde berichten op hun mobiele telefoon die hen naar een trein leiden die hen naar de 'Digitale Wereld' brengt; een vreemde wereld vol bizarre wezens genaamd 'Digimon'. Deze kinderen zijn daarheen gestuurd om te voorkomen dat een kwaadaardige Digimon genaamd Cherubimon de planeet en al haar bewoners volledig vernietigt. Om dit te bereiken moeten de 5 kinderen hun 'geesten' lokaliseren, die hen zullen laten evolueren tot de legendarische krijger Digimon. Helaas voor hen heeft Cherubimon zijn bedienden de opdracht gegeven om te voorkomen dat de kinderen de missie voltooien; uiteindelijk zullen de kinderen de strijdkrachten van Cherubimon moeten bevechten om de planeet te redden.
In de wijk Ikebukuro in het centrum van Tokio steekt, te midden van veel vreemde geruchten en waarschuwingen over anonieme bendes en gevaarlijke bewoners, één stadslegende boven de rest uit: het bestaan van een onthoofde 'Black Rider' die naar verluidt wordt gezien terwijl hij op een gitzwarte motorfiets rijdt. door de straten van de stad.
Mikado Ryuugamine heeft altijd verlangd naar de opwinding van het stadsleven, en een uitnodiging van een jeugdvriend overtuigt hem om naar Tokio te verhuizen. Als hij getuige is van de Zwarte Ruiter op zijn eerste dag in de stad, lijken zijn wensen al in vervulling te zijn gegaan. Maar terwijl er bovennatuurlijke gebeurtenissen plaatsvinden, raken gewone burgers zoals hijzelf, samen met Ikebukuro's meest kleurrijke inwoners, verwikkeld in de commotie die uitbreekt in hun stad.
Yuuno Scraia is een magiër van een verre planeet die probeert het probleem op te lossen dat begon toen Jewel Seeds per ongeluk over de hele wereld werden verspreid. In een mislukte poging om een zaadjes goed af te sluiten, belandt hij in de vorm van een fret op aarde. Zijn gevecht met de zaden eindigde echter niet toen hij de aarde bereikte en hij heeft de hulp van iemand anders nodig om de zaden voor hem te verzegelen. Takamachi Nanoha hoort zijn telepathische hulpkreten en schiet hem te hulp. Wanneer ze een parel krijgt die bekend staat als het Raging Heart, kan ze transformeren in Magical Girl Lyrical Nanoha en een staf hanteren om het kwaad dat in de Seeds schuilt af te weren. Om Yuuno te helpen zijn missie te voltooien, moet ze alle 21 Jewel Seeds verzegelen, maar het lot speelt mogelijk een rol in de zaak om Nanoha's doelen te voorkomen.