Een plotselinge Aragami -aanval in San Francisco en op het TAC -hoofdkantoor bewijst dat de monsters nog steeds actief zijn. Nu moet de TAC naar de Verenigde Staten reizen om het mysterie van de heropleving van de Aragami op te lossen. En de dreiging voor eens en voor altijd beëindigen.
Koharu is een saai middelbare scholiere die altijd alleen is. Haar enige hobby is het maken van plastic modellen. Op een dag komt Koharu langs bij een mysterieuze antiekwinkel en koopt een plastic modelpistool en een speelgoedfiguur genaamd Alice. Nadat Koharu de hele nacht aan het monteren van het pistool heeft besteed, wordt hij wakker en is hij getuige van kogels die overal op school rondvliegen. Ze ontmoet dan Alice die beweegt als een mens en vertelt haar dat ze zich moet voorbereiden op een overlevingsgevecht genaamd 'Girl Gun Fight', waarbij ze haar klasgenoten met een pistool moet aanvallen.
We bevinden ons in een parallelle wereld waarin de Japanse spoorwegen niet zijn geprivatiseerd. Naoto Takayama is een middelbare scholier en droomt van een comfortabele toekomst als werknemer van de eersteklas Japanse Nationale Spoorwegen. Hij wordt als stagiair toegewezen aan de spoorwegbeveiliging, een verzameling rare figuren, zoals Sakurai, die niet tegen mannen kan.
