Tokyo Pig gaat over een jonge jongen en de avonturen die hij beleeft met zijn magische dagboek, waarin alles wat hij tekent tot leven komt. In de eerste aflevering, 'When Pigs Fly', tekent hij honderden vliegende varkens. Terwijl hij ervaart dat zijn eerste tekening tot leven komt, probeert hij ze allemaal te wissen voordat zijn ouders hem betrappen. In zijn haast mist hij echter een varken dat zijn huisdier wordt, Sunny Pig.
Nadat meerdere crises haar leven op zijn kop zetten, ontdekt een verkoopster in een supermarkt een verrassende creatieve uitlaatklep om haar hoop terug te krijgen: stand-upcomedy.
Squid Girl is vanuit de diepten van de zee naar het land gekomen om de mensheid te veroveren uit wraak voor de vervuiling van de oceaan. Helaas vernielt ze het eerste huis dat ze als invasiebasis gebruikt en moet ze werken om reparaties te betalen. Natuurlijk kan ze de Aizawa-zussen die het huis beheren niet overwinnen, dus wie weet of ze de mensheid kan onderwerpen.
Inspecteur Max Arnold woont, nadat hij gescheiden is van zijn kunsthandelaarvrouw Astrid, op een gehavende woonboot aan het einde van Cheyne Walk. Max is de zoon van een plaatselijke boekwinkeleigenaar en staat ver af van de welvarende elite wiens misdaden hij zal helpen oplossen samen met DC Priya Shamsie.
Yorito Morimiya is een gewone middelbare scholier met een ongewone hobby: het observeren en fotograferen van de lucht. Yorito"s zus Aono ligt al enkele maanden in het ziekenhuis, dus hij woont alleen. Zijn klasgenoot Mana zorgt echter meestal voor hem, dus hij kan het goed met elkaar vinden. Op een ochtend tijdens het maken van foto"s ontmoet Yorita een vreemd meisje dat worstelt met een automaat. Maar als hij haar wil helpen, verdwijnt ze plotseling. In de avond van dezelfde dag vindt er nog een ontmoeting plaats en de vreemdeling stelt zich aan hem voor als Matsuri Shihou.
Op een nacht valt er een vreemd voorwerp op het hoofd van Nitta, een lid van de yakuza. In de doos zit een vreemd jong meisje genaamd Hina. Ze heeft enorme bovennatuurlijke krachten, en Nitta merkt dat hij haar met tegenzin in huis neemt. Haar krachten kunnen van pas komen voor zijn yakuza-zaken, maar hij loopt ook het risico dat ze ze tegen hem gebruikt! Om nog maar te zwijgen: als ze haar krachten niet gebruikt, zal ze uiteindelijk razend worden en alles om haar heen vernietigen. Het vreemde leven van Nitta en Hina samen is nog maar net begonnen...
