Twee jaar geleden werd Shibuya geteisterd door een biologische terroristische aanslag met het dodelijke Ua-virus. Maria Osawa werd gered toen haar vader haar inentte tegen het virus, maar blijft achter met gedeeltelijk geheugenverlies door de schok. Ze werkt als cameraman wanneer ze herenigd wordt met een meisje genaamd Canaan in Shanghai, China. Ze is een begaafde huurmoordenaar met synesthesie en staat onder bevel van een onbekende organisatie voor een nog niet gespecificeerde missie
5 kinderen ontvangen vreemde berichten op hun mobiele telefoon die hen naar een trein leiden die hen naar de 'Digitale Wereld' brengt; een vreemde wereld vol bizarre wezens genaamd 'Digimon'. Deze kinderen zijn daarheen gestuurd om te voorkomen dat een kwaadaardige Digimon genaamd Cherubimon de planeet en al haar bewoners volledig vernietigt. Om dit te bereiken moeten de 5 kinderen hun 'geesten' lokaliseren, die hen zullen laten evolueren tot de legendarische krijger Digimon. Helaas voor hen heeft Cherubimon zijn bedienden de opdracht gegeven om te voorkomen dat de kinderen de missie voltooien; uiteindelijk zullen de kinderen de strijdkrachten van Cherubimon moeten bevechten om de planeet te redden.
Met de vier koninkrijken van Hawaï verwikkeld in oorlog gaat machtige strijder Kaʻiana op een missie om zijn volk te verenigen, terwijl er een groot gevaar op de loer ligt.
