November 2010 op de Beta World Line. Okabe Rintarou koos er uiteindelijk voor om Mayuri te redden en gaf Kurisu op om dat te doen. Hij neemt afscheid van zijn levendige wetenschapper-alter ego om het verleden te vergeten. Zijn vrienden maken zich grote zorgen om hem... Als alles vergeten lijkt te zijn, verschijnt er iemand die Kurisu kende en aan Okabe onthult dat ze werken aan een machine die menselijke herinneringen opslaat en een simulatie van de persoon in kwestie kan maken. Er vindt een onvoorziene hereniging plaats, die opnieuw lijden en tragedie met zich meebrengt...
Een eenzaam, somber meisje uit de vijfde klas is het doelwit van het meedogenloze pesten en plagen van haar klasgenoten, totdat er een nieuw kind op het toneel verschijnt. De vriendelijke Takada is net zo dom als goedbedoelend, maar op de een of andere manier bezit hij het magische vermogen om 'Magere Hein' Nishimura uit haar schulp te trekken. Terwijl de basisschoolleerlingen al het plezier van een kinderzomer samen beleven – van naar het zwembad gaan, zonnebloemen plukken tot vuurwerk kijken – bloeit er een bijzondere vriendschap op!
Na duizend jaar keert een flamboyante geest terug en vervult hij de wensen van een stoïcijnse vrouw. Kan hij haar alledaagse sleur omtoveren tot een wereld vol liefde en fantasie?
Miki's ouders komen thuis van vakantie om aan te kondigen dat ze gaan scheiden. Maar wat nog schokkender is, is dat ze van partner zijn gewisseld met een ander stel! En als klap op de vuurpijl heeft dit andere stel een knappe zoon, Yuu, voor wie Miki gevoelens begint te ontwikkelen. Om het nog verontrustender te maken, verhuist iedereen naar één huis. Wat zal iedereen denken van Miki's gezinslevensstijl?
Aoi is een universiteitsmeisje dat de kracht om geesten te zien heeft geërfd van haar grootvader, hoewel ze denkt dat haar grootste talent haar kookkunsten zijn. Op een dag, terwijl zij enkele geesten voedt, wil een boeman haar ontvoeren om met haar te trouwen met het excuus dat zij de schulden van haar grootvader moet betalen. Aoi zal echter weigeren en zal proberen deze schulden af te betalen door te gaan werken in Tenshinya, een herberg gerund door deze boeman.
Kyoto, 1863. De wind van de opstand wakkert de vlammen aan van een Japan dat wordt geplaagd door ongelijkheid en wordt gedomineerd door de suprematie van de inheemse bevolking die buitenlanders fel afwijst. Nio, een jonge wees met doordringende blauwe ogen en gedreven door een scherp rechtvaardigheidsgevoel, streeft ernaar deze samenleving diepgaand te transformeren. Zijn ontmoeting met Toshizô Hijikata en Sôji Okita, twee ronins die tot de Shinsen Gumi en de “Miburo”-groep behoren, zal in hem de gloeiende kolen van rebellie weer aanwakkeren, klaar om de hele natie in vuur en vlam te zetten.
