Shirou Emiya wil iedereen helpen, zonder uitzondering. Dit is zijn doel sinds hij door Kiritsugu werd gered uit de vurige hel van de Graaloorlog. Maar zijn pleegvader leert hem keer op keer dat het nauwelijks mogelijk is om alle mensen te redden. Er moeten altijd offers worden gebracht voor het grotere goed. Wanneer Shirou 10 jaar na de laatste Graaloorlog een gevecht observeert tussen de twee bedienden Lancer en Archer, heeft hij geen idee wat hem te wachten staat. Want terwijl hij door Lancer wordt achtervolgd omdat hij hem als ooggetuige wil uitschakelen, roept hij zonder het te weten Saber op, die hem als meester erkent en met hem wil vechten voor de Heilige Graal. Maar kunnen zijn hoge doelen echt worden bereikt, zal het hem hetzelfde vergaan als Kiritsugu of kan hij deze keer een ramp afwenden?
De wetenschap van het leven en de willekeur van de dood worden gecombineerd met een vleugje darwinisme. Forensische experts, pathologen, toxicologen, herpetologen en andere experts bieden welsprekende verklaringen voor sterfelijkheid.
Een reconstructie van de verzameling korte animaties genaamd "50.000", geproduceerd door Otogi Productions van 1962 tot 1965. Het wordt ook geschreven als '50.000 vissen.' Elke aflevering duurt 3 minuten en 30 seconden. In totaal 100 afleveringen. Er is geen specifiek hoofdpersonage, en elke keer is het hoofdpersonage een ander dier dat in het dierendorp woont.