Lion-O en de ThunderCats ontsnappen ternauwernood aan de vernietiging van hun thuiswereld, Thundera, om vervolgens een noodlanding te maken op de mysterieuze en exotische planeet Derde Aarde. Lion-O, probeert het team te leiden terwijl ze van deze planeet hun nieuwe thuis maken. Een bizarre groep wezens staat hen in de weg, waaronder de kwaadaardige Mumm-Ra, de slechte heerser van de Derde Aarde die zich door niets laat stoppen met zijn tirannieke heerschappij over de planeet.
Gabriel Vaughn is een agent met een speciale microchip in zijn hersenen. Via deze microchip is hij de eerste mens die toegang heeft tot alle online netwerken, wat hem in staat stelt om Amerika te beschermen tegen vijandige elementen. In zijn strijd wordt hij onder meer bijgestaan door de geheime agente Riley Neal. Zij moet Vaughn niet alleen behoeden voor externe dreigingen, maar ook voor zijn eigen onbesuisde gedrag.