Het verhaal speelt zich af op aarde, in een toekomst waarin enkele mysterieuze reuzen, bekend als 'Huge', vernietiging en angst hebben gebracht. De hele wereld verenigt zich tegen de dreiging van de reuzen en creëert speciale wapens genaamd 'CHARM' (Counter Huge Arms), gecreëerd dankzij de unie van wetenschap en magie. Deze wapens blijken bijzonder geschikt voor tienermeisjes genaamd 'Lilies'. Overal ter wereld worden lelies getraind in speciale kampen genaamd 'Gardens', om de mensheid te beschermen.
Veertien jaar nadat hij de onsterfelijke krijger Himuro Genma heeft verslagen en de kwaadaardige plannen van de Dark Shogun heeft gedwarsboomd, blijft Kibagami Jubei als een meesterloze zwaardvechter door Japan dwalen. Tijdens zijn reis ontmoet hij Shigure, een priesteres die nog nooit de wereld buiten haar dorp heeft gezien. Maar wanneer een groep demonen het dorp vernietigt en iedereen doodt, wordt Jubei een belangrijk doelwit nadat hij het Drakenjuweel heeft verworven: een steen van onbekende oorsprong. Ondertussen reist Shigure, vergezeld door de monnik Dakuan en een jonge dief genaamd Tsubute, naar Yagyu Village. En nu twee demonenclans op Shigure jagen, moet Dakuan opnieuw de hulp van Jubei inroepen om de Priesteres van het Licht te beschermen.
Het verhaal speelt zich af in een oude tijd, toen het hele land bedekt was met dichte bossen. Er breekt een mysterieuze plaag uit, met talloze doden tot gevolg. Een pure jongeman genaamd Yoshihiko wordt gekozen als held en hij gaat op reis om een dorp te redden. Hij heeft twee doelen: de legendarische plant terugbrengen die de pest kan genezen, en zijn vader Teruhiko redden die vertrok om de plant te vinden maar nooit terugkeerde.
Sudou Kaname, een gewone middelbare scholier, ontvangt een uitnodigingsmail om de mysterieuze app 'Darwin's Game' te proberen. Kaname wordt bij het starten van de app meegesleept in een spel waarin spelers tegen elkaar vechten met behulp van superkrachten genaamd Sigils. Kan Kaname, zonder de reden voor dit alles te kennen, de hevige gevechten overleven tegen de krachtige spelers die hem aanvallen?
Over ontwikkeling en drukte in Japan hebben veel van zijn inheemse geesten gedwongen hun huizen te verliezen. Door problemen veroorzaakt door de dakloze geesten werd een nieuw beroep gecreëerd, de Ghost Sweepers (GS). Als privé-exorcisten worden ze ingehuurd en dienen ze alleen de hoogste bieder om te overleven in de moordende zakenwereld. Hiervan zou de Mikami GS Company, geleid door de 20-jarige Reiko Mikami en haar twee assistenten, de 17-jarige jongen Tadao Yokoshima en het spookmeisje Okinu, de beste zijn.
Invertia was een meteorenstorm die in de 20e eeuw een ongekende ramp veroorzaakte. Door deze ramp werden talloze steden over de hele wereld verwoest. Binnen de meteoor werd echter een onbekend element genaamd mana ontdekt. Het zorgde ervoor dat de menselijke technologie snelle vooruitgang kon boeken, waardoor een nieuwe soort superkrachtige mensen ontstond, de Star Pulse Generation (Genestella). De Festas (Star Warrior Festivals) organiseren gevechten tussen Genestella in een stad met zes academies genaamd ‘Rikka’, ook wel bekend als ‘Asterisk’.
Beursstudent Ayato Amagiri stapte over naar de Seidoukan Academie om zijn eigen wens te vervullen, waarbij hij zweerde dat hij ook in deze stad zou vechten.
Yogiri Takatou heeft tijdens zijn dutje een paar dingen gemist. Als hij wakker wordt, komt hij erachter dat hij en zijn hele klas het met elkaar oneens zijn en dat ze nu moeten samenwerken met Tomochika en gevaar moeten afweren met zijn Instant Death-vaardigheid. Als hij zijn ogen open kan houden, tenminste...
Kaijudo is het verhaal van Raiden Pierce-Okamoto, ook bekend als Ray, een getalenteerde 14-jarige jongen, en de twee werelden waarin hij leeft. De ene is de echte wereld die veel lijkt op de onze, en de andere is een fantastische wereld van wezens, een parallelle wereld die bestaat uit vijf beschavingen, alleen zichtbaar voor een paar uitverkorenen...
Een kunststudent genaamd Jin Mikuriya snijdt een standbeeld uit het hout van de Kannagi-boom, waarna het standbeeld tot leven komt in de vorm van een godin, die het standbeeld nu heeft overgenomen. Hij en 'Nagi' werken samen om de onzuiverheden die zich in de stad verzamelen te vernietigen.
Rentt Faina heeft de afgelopen tien jaar op monsters gejaagd. Helaas is hij niet zo goed in zijn werk; hij blijft elke dag op slijm en goblins jagen voor een paar munten. Zijn geluk keert wanneer hij een onontdekt pad vindt. Aan het einde van het pad ontmoet hij zijn ondergang in de muil van een legendarische draak. Maar hij wordt wakker als een ondode zak met botten! Hij wil existentiële evolutie bereiken en zich weer bij het land van de levenden voegen.
De drie broers en zussen Kanba, Shouma en Himari wonen samen in het Takakura House. Himari, die in slechte gezondheid verkeert, ligt bijna elke dag in het ziekenhuis. Op een dag, wanneer de broers en zussen op reis zijn naar het aquarium, stort Himari in. De artsen leggen de tweeling uit dat er niets voor Himari kan worden gedaan, maar dan gebeurt er een wonder.
Aoba Watasa zit op de middelbare school en leidt een normaal leven. Op de eerste dag na de zomervakantie wordt hij aangevallen door een robot. Terwijl hij door de stad ontsnapt, verschijnt zijn klasgenoot Hina plotseling in haar eigen mecha. Ze redt hem en vertelt hem iets mysterieus: 'Dio wacht op je' en verdwijnt dan. Dus Aoba begint een nieuw leven als piloot voor de Free Treaty Alliance tegen de Zogiria-republiek.
Riku Tachibana is opgevoed door zijn grootvader. Om de een of andere reden is de oude man altijd dol geweest op vreemde handgebaren, en die zijn overgegaan op Riku, die ze bijna onbewust uitvoert, tot groot vermaak van zijn klasgenoten. Op een dag wordt het Riku echter plotseling duidelijk wat zijn grootvader hem heimelijk heeft geleerd. En de leringen kunnen voor Riku het verschil betekenen tussen leven en dood.
Darien Fawkes wordt door zijn broer uit de gevangenis gehaald, op voorwaarde dat hij meewerkt aan een geheim project. Een speciale klier die hij krijgt ingeplant, produceert een stof die hem onzichtbaar maakt ...
De inwoners van het plaatsje Perfection, Nevada, proberen samen te leven met de Graboids en hun nakomelingen: de Shriekers en de Ass-Blasters. Ze mogen de beesten niet doden want ze staan op de lijst van beschermde diersoorten. Ondertussen krijgen ze ook te maken met mislukte overheidsexperimenten, gestoorde wetenschappers en meedogenloze landarchitecten.
