Een moedige monnik die een schurk is geworden, werkt samen met een archeoloog en een jongen met de krachten om te voorkomen dat Esluna's koningin een eeuwenoude technologie activeert die hun wereld dreigt te vernietigen.
Nano Invaders volgt de oogverblindende avonturen van Hikaru, 11, die wordt meegesleurd in een reeks gevechten tussen twee rivaliserende buitenaardse clans. Op een dag probeert Hikaru een armband van zijn klasgenoot Mimi en hij verandert in een monster. Mimi"s familie is een speciale scoutingeenheid van de planeet Anima. Wanneer buitenaardse indringers van een rivaliserende planeet Damon de stad aanvallen, bundelt Hikaru zijn krachten met Mimi"s familie om terug te vechten. Het gevecht komt op tv, waardoor Hikaru en de buitenaardse wezens meteen helden worden. De eenvoudige Hikaru is blij om zijn droom uit te zien komen, niet wetende dat Mimi"s familie van plan is om ook de aarde over te nemen!
Het is het jaar 2068. De mensheid heeft een kolonie op de maan gesticht met een grote bevolking. Ze hebben voorraden nodig en de makkelijkste manier om die te leveren is via de Moonlight Bazooka, een lanceerinrichting die containers in een baan om de maan schiet. Op een dag arriveert schip 078962-EK, bekend als de Vliegende Hollander, na 50 jaar reizen op de maanbasis met een zeer bijzondere lading.
De tweede OVA speelt zich 100 jaar later af. De mensheid probeert nu kolonies te stichten op andere planetenstelsels, maar mensen kunnen hun aard niet loslaten en brengen een kolonie in gevaar, alleen al vanwege hun ambitie.
Gedurende twee jaar volgt International Designer Sibella Court de beproevingen van 7 groepen Australiërs die zich inzetten voor de ontmoedigende taak om erfgoed ruïnes te restaureren tot levende huizen. Van Georgische herenhuizen tot koloniale mopshonden en dennen hutten, deze Aussie-strijders proberen de gebouwen in hun oude glorie te herstellen.
