Kiroemon Natsume is de 45e leider van de familie Natsume. Elke leider erft de kracht van extreem geluk, die in hun linkeroor is opgesloten. Hij keert vanuit Italië terug naar Japan om zijn vader op te volgen als hoofd van de familie, maar wordt verliefd op Kanako, een lid van de rivaliserende familie Mina. Wanneer hij ontdekt dat de familie Mina haar als gijzelaar tegen hem gebruikt, zal hij er alles aan doen om haar terug te krijgen.
In september 1944, nadat het 501st Joint Fighter Wing Strike Witches squadron de Neuroi-dreiging boven Gallia had geneutraliseerd en West-Europa had bevrijd, begonnen de geallieerde troepen een tegenaanval in Midden- en Oost-Europa. De hoop van de mensheid ligt nu op de 502nd Joint Fighter Wing – de Brave Witches. Vanuit Petersburg in het Orussische rijk lanceren deze tien heksen hun offensief onder de koude hemel van Oost-Europa.
Na de botsing van de twee Kikōtei-harnassen hebben de jonge samoerai hun harnassen verloren en kunnen ze nu een normaal leven leiden. Het is echter moeilijk om aan zijn lot te ontsnappen en het gevecht roept hen opnieuw op wanneer Touma wordt vermist. Maar net voordat dat gebeurt, stuurde hij een vreemd 300 jaar oud boek naar Ryō, dat misschien wel de sleutel tot het raadsel bevat, evenals de oorsprong van het harnas.
Sandrine, een onbezonnen en miskende agent, besluit een undercoverbaan aan te nemen als suikerspin verkoopster op een kermis nadat ze een lijk in de spooktrein heeft ontdekt. Wanneer ze Carmen en Yvanne ontmoet – twee kermismedewerkers uit met elkaar strijdende families – ontdekt het onwaarschijnlijke trio dat de kermis misschien wel het jachtgebied van een moordenaar is...
Als Jouju hoort dat ze de reïncarnatie is van een godin uit een ander rijk, gaat ze samen met een vreemde kat op een missie om anderen zoals zij te vinden.
