In een fantastische en magische onderzeese wereld, waar een team van Mermicorno (betoverende half-Eenhoorn/half-vis-wezens) samenkomt om de oceaan te redden van de dreiging van de kwaadaardige Ika Inkblot.
Tijdens een cruciale veldslag verdwijnt Upananta's beste drakenrijder. Zonder hem is de wereld reddeloos verloren. De onervaren drakenrijder Thaim gaat naar hem op zoek in een andere wereld: een plek waar vliegende draken en avontuur alleen bestaan in de dromen van middelbare scholier Nagi.
In 2147 werd de aarde verwoest door de Metaaloorlog, waarbij mensen tegenover machines kwamen te staan en voor laatstgenoemden in een overwinning eindigde. Nu jagen de meesters van de wereld, machines genaamd Biotrons, bestuurd door Lord Biotron, op de laatste mensen. Om deze onderdrukking te bestrijden wordt een team van strijders gevormd onder leiding van kapitein Jonathan Power, zoon van de briljante uitvinder Stuart Power, uitvinder van bio-pantser waarmee ze machines kunnen weerstaan. Naast het menselijke verzet, voert deze groep, genaamd “de soldaten van de toekomst”, de strijd tegen de Biotrons…
Na het beklimmen van de Mount Everest zien bergbeklimpartners Saruwatari Gorou en 'Lostman' Jack F. Woodbridge het ISA-ruimtestation, en beiden beloven de tocht naar de ruimte te maken. Wanneer Helium 3, een nieuwe energiebron, op de maan wordt ontdekt, vormt NASA een nieuw project genaamd 'Nexus' om die energie te benutten voor gebruik op aarde. Dit is het verhaal van de twee en de paden die ze volgen om hun droom werkelijkheid te zien worden in de zoektocht naar het benutten van de energiebron van de volgende generatie.
Wanneer Haru en zijn metgezellen terugkeren naar het hoofdkwartier van Arc End Division 8, de organisatie die verantwoordelijk is voor het elimineren van de wezens genaamd Spirals, ontdekken ze dat de locatie gesloten is. Blijkbaar heeft iemand geld gestolen van het hoofdkwartier terwijl ze weg waren en moest het sluiten. Nu kunnen alleen zij, hun voormalige leider en een andere metgezel werken aan de wederopbouw van Divisie 8.
Het verhaal volgt Arcana Famiglia, een zelfbenoemde organisatie met mysterieuze krachten die een klein eiland in de Middellandse Zee heeft beschermd tegen piraten, het buitenland en andere bedreigingen. De enige dochter van de vader van de familie, Felicita, zal over twee maanden trouwen met het volgende gezinshoofd – en de opvolger zal worden bepaald in een wedstrijd waaraan Felicita zelf zal deelnemen.
De geest van een middelbare scholiere die al vijf jaar dood is en een exorcistische student die geesten kan zien en horen. Wat hij door de jaren heen heeft ontdekt, is dat hij ze kan aanraken en bestrijden. Als hij dus een deeltijdbaan nodig heeft en er geen kan vinden die goed genoeg betaalt, begint hij advertenties online te zetten waarin hij een exorcist te huur aanbiedt. Zijn advertentie: “Zal de confrontatie aangaan met je geesten. Kans om te winnen: maagdelijke geesten 80%, vrijgezelle geesten 40%, kindgeesten 97%, de rest 50%. Op een avond gaat hij aan het werk en wordt hij geconfronteerd met een geest van een schoolmeisje, en tijdens het gevecht kussen ze elkaar per ongeluk en de vonken vliegen er van af.'...
We bevinden ons in een parallelle wereld waarin de Japanse spoorwegen niet zijn geprivatiseerd. Naoto Takayama is een middelbare scholier en droomt van een comfortabele toekomst als werknemer van de eersteklas Japanse Nationale Spoorwegen. Hij wordt als stagiair toegewezen aan de spoorwegbeveiliging, een verzameling rare figuren, zoals Sakurai, die niet tegen mannen kan.
Het verhaal speelt zich af, 10 jaar na de plot van de videogame "Persona 3" - waar de held het einde van de wereld vermeed veroorzaakt door "schaduwen" - in de stad Ayanagi, vlakbij de Zee van Japan. Deze stad werd gebouwd om de schade te verlichten die was veroorzaakt door de plaag van het "Apathie Syndroom", die tien jaar eerder plaatsvond.
Een middelbare scholier, Shin Kanzato, en zijn jongere broer Jun keren terug naar het huis van hun oudere broer Ryo. Deze laatste is al tien jaar hoofd van de politie van Ayanagi. Op dit moment vindt er een reeks vreemde gebeurtenissen plaats in de stad Ayanagi, zoals de plotselinge verdwijning van de bemanning van een onderzeeër tijdens het duiken of het geval van het onherkenbare lichaam van een student die een gruwelijk uiterlijk heeft aangenomen. Ryo spoort de organisatie achter deze opeenvolging van incidenten op en gebruikt zijn "Persona" - astrale lichaamsprojectie om te vechten tegen "schaduwen".
