De Bunker volgt een team van de Antwerpse cel van de Belgische Staatsveiligheid, die opereert vanuit haar ondergronds hoofdkwartier: de Bunker. Als buitendienst verzamelen de agenten informatie op het veld, om zo tijdig een belangrijke dreiging of ramp te voorkomen. Die bedreiging kan van alle kanten komen: extreemrechts en -links, terrorisme, economische spionage, cybercriminaliteit en sektes. Op het team rust een enorme verantwoordelijkheid en de agenten zijn -door de interne geheimhouding- vaak enkel op elkaar aangewezen. Hun band is hecht, maar de druk is zonder meer groot.
Dit is het verhaal van onze toekomstige planeet, getransformeerd in een buitenaardse wereld waar het menselijk leven zojuist herboren is. Dit is het avontuurlijke verhaal van Aira en Ran en hun strijd om te overleven in deze vreemde, nieuwe wereld.
Het is het jaar 2205, waarin alternatieve historici het verleden aanvallen om de geschiedenis te veranderen. De wijze Saniwa heeft de missie om de geschiedenis te beschermen, en hiervoor heeft hij de sterkste soorten Tsukumogami (levenloze objecten bewoond door geesten) samengebracht, genaamd Touken Danshi (Zwaardvechters).