In het tijdperk waarin de samoerai Japan controleerden... vernietigden de Gemaskerde Demonen op één na alle leden van de Shinsengumi, die hadden gewerkt om de vrede en de openbare orde in Kyoto te handhaven. Zeven criminelen worden gekozen als vervangers voor de overleden Shinsengumi-leden, en ze worden geleid door Ichibanboshi, wiens ouders ook werden vermoord door de gemaskerde demonen. Hij wordt een vervanger voor commandant Isami Kondo en gaat samen met de andere vervangers achter de gemaskerde demonen aan om de dood van zijn ouders te wreken. Voormalige criminelen komen in opstand om de vrede en orde te herstellen terwijl hun gekke verhaal begint! Dit is het moment om het helderst te stralen!
Terwijl een wrede drugsdealer Marseille probeert te veroveren, verwelkomen een opstandige politiechef en zijn onverschrokken team een nieuwe rekruut met een eigen agenda.
Sakurakouji Sakura is een meisje dat bescheiden en gracieus lijkt, maar in werkelijkheid bedreven is in vechtsporten. Nadat ze getuige is geweest van een jongen die mensen verbrandt met zijn blauwe vlam, schrikt ze als ze ziet dat dezelfde jongen een transferstudent is, Oogami Rei. Oogami is een codebreker, iemand die niet bestaat. Hij is een schijnbaar koelbloedige moordenaar die het principe van oog om oog volgt, om kwaad tegen kwaad te gebruiken. Ervan overtuigd dat doden niet juist is, probeert Sakurakouji hem tegen te houden en zijn ijzige hart binnen te dringen.
Op een dag is Honey Kisaragi een trendy, katholiek schoolmeisje. Het volgende moment wordt haar vader vermoord door demonische diva's van een lafhartige organisatie genaamd Panther Claw. Wanneer uit zijn stervende bericht blijkt dat ze een androïde is, gebruikt Honey de transformatieve kracht van de Atmospheric Element Solidifier – precies dat wat Panther Claw wilde stelen – om wraak te nemen op de schimmige clan.
Osamu Tezuka vertelt ons de belangrijkste gebeurtenissen van het Oude Testament (en het begin van het Nieuwe) in afleveringen die beginnen bij Genesis en uitkomen bij het Evangelie, via de belangrijkste profeten; altijd met zijn unieke stijl.