Tijdens de Tweede Wereldoorlog wordt de passagiersvoering 'Goliath' verzonken door een Duitse onderzeeër. Delen van de romp van het schip blijven luchtdicht en sommige passagiers en bemanning overleven. In de loop van de decennia bouwen ze een rigide gereguleerde samenleving volledig geïsoleerd van de oppervlaktewereld totdat een duikteam in de hedendaagse tijd het wrak begint te verkennen.
Dit is het verhaal van hoe Char Aznable, de Rode Komeet, ontstond. Zeon Zum Deikun sterft plotseling, midden in het uitroepen van de onafhankelijkheid van de Autonome Republiek Munzo, en de republiek raakt in rep en roer. Zijn kinderen, Casval en Artesia, ontsnappen naar de aarde terwijl het Huis van Zabi aan de macht komt. De broers en zussen leven in het geheim en moeten hun plek vinden in een wereld die zich voorbereidt op oorlog.
Na de oorlog wonen er nu veel ‘Extenden’ in de stad, mensen wier lichamen werden omgebouwd tot gevaarlijke wapens.
Inui Juuzou is een van hen en heeft geen herinneringen aan zijn vorige leven en lichaam voordat zijn hoofd in een wapen werd veranderd. Nog vreemder is dat zijn geweerkop niet door hem kan worden gemanipuleerd, maar alleen iemand achter hem kan de trekker overhalen.
Juuzou besluit vervolgens de kost te verdienen met het onderzoeken van zaken die verband houden met de ‘Extends’ in de stad, bijgestaan door Mary, een intelligent meisje dat hij heeft besloten te beschermen.
Kruisboog volgt de avonturen van Willem Tell en speelt zich af in de 14e eeuw in Zwitserland. Willem Tell en zijn zoon worden gevangengenomen door de tirannieke Gessler. Als gouverneur van Oostenrijk is Gessler van plan de Zwitserse opstand te stoppen. Nadat hij de appel op het hoofd van zijn zoon met zijn kruisboog heeft gespleten, tot grote ergernis van Gessler, is de legendarische kracht en vaardigheid van Willem Tell niet te stoppen.
