1 mei 1945 - De Tweede Wereldoorlog woedt nog steeds: een groep nazi-officieren voert een gruwelijk ritueel uit waarbij ze de levens van degenen die in de oorlog zijn omgekomen als offers gebruiken. Dit ritueel was bedoeld om de Orde van de 13 Lansen op te roepen, een groep supermensen die de wereld volledig zouden moeten vernietigen. Niemand weet of het ritueel succesvol was of wat er met hen is gebeurd - het verhaal is eerder een legende geworden.
Decennia later in Suwahara City: Ren Fujii wordt ontslagen uit het ziekenhuis nadat hij hersteld is van een ruzie met zijn vriend Shirou Yusa. Hij probeert in het reine te komen met wat er is gebeurd, maar hij wordt elke nacht achtervolgd door dezelfde droom: een guillotine, moordenaars die mensen achtervolgen en in het zwart geklede ridders die de moordenaars achtervolgen, evenals Shirou's woorden: 'Iedereen die in deze stad blijft, zal uiteindelijk zijn verstand verliezen.'
Sanne en haar familie waren vanuit Zwitserland op weg naar Australië toen hun schip verging en ze op een bewoond eiland landden. Vertrouwend op de sterke overtuiging dat ze op een dag zullen terugkeren, bouwde de familie Robinson een huis bovenop een boom en leefde van alle middelen die ze ter beschikking hadden. Dankzij de medewerking van elk lid slaagde de familie erin om op het eiland te overleven en keerde uiteindelijk terug naar Australië.
Vissen is een zwaar leven, en nog moeilijker nu de blauwvintonijnen zijn uitgeput. In Gloucester, Massachusetts, leeft een speciaal soort vissers. Generaties lang hebben ze hengel en molen gebruikt om de ongrijpbare blauwvintonijn te vangen. Ze zijn voor hun levensonderhoud afhankelijk van deze vissen en de concurrentie is moordend. De komende tien weken zullen de meest bekwame vissers de ijskoude wateren van de Noord-Atlantische Oceaan betreden in de hoop de waardevolle blauwvintonijn te vangen. Als één blauwvin maar liefst 20.000 dollar kan binnenbrengen, zullen ze er alles aan doen om ze te vinden.
Middelbare scholiere Yuri bevindt zich plotseling op het dak van een hoog gebouw. Ze zit gevangen in een bizarre wereld omringd door wolkenkrabbers, waar een gemaskerde man het hoofd van een man openbrak met een bijl voor haar ogen. Het vinden van een manier om deze bizarre wereld te overleven, haar geliefde broer te vinden en te ontsnappen wordt haar topprioriteit, maar ze wordt geteisterd door gevaar, niet alleen door de mysterieuze Maskers, die zowel onmenselijke kracht als wreedheid bezitten, maar ook andere overlevenden die wreed of wanhopig zijn geworden door de waanzin van de hoogbouwwereld.
Het verhaal speelt zich af, 10 jaar na de plot van de videogame "Persona 3" - waar de held het einde van de wereld vermeed veroorzaakt door "schaduwen" - in de stad Ayanagi, vlakbij de Zee van Japan. Deze stad werd gebouwd om de schade te verlichten die was veroorzaakt door de plaag van het "Apathie Syndroom", die tien jaar eerder plaatsvond.
Een middelbare scholier, Shin Kanzato, en zijn jongere broer Jun keren terug naar het huis van hun oudere broer Ryo. Deze laatste is al tien jaar hoofd van de politie van Ayanagi. Op dit moment vindt er een reeks vreemde gebeurtenissen plaats in de stad Ayanagi, zoals de plotselinge verdwijning van de bemanning van een onderzeeër tijdens het duiken of het geval van het onherkenbare lichaam van een student die een gruwelijk uiterlijk heeft aangenomen. Ryo spoort de organisatie achter deze opeenvolging van incidenten op en gebruikt zijn "Persona" - astrale lichaamsprojectie om te vechten tegen "schaduwen".
Nobita Nobi is zo ongelukkig dat zijn nakomelingen uit de 22e eeuw nog steeds verarmd zijn als gevolg van zijn gestuntel in de 20e eeuw. In een poging hun sociale status te verhogen, besluit hun bediende, een robot kat genaamd Doraemon, terug in de tijd te reizen en Nobita op het juiste pad naar fortuin te begeleiden. Helaas is Doraemon, een disfunctionele robot die de familie per ongeluk heeft verworven (maar toch heeft behouden), niet veel beter af dan Nobita. De robot leidt Nobita op vele avonturen, en hoewel Nobita's leven zeker spannender is met de robot kat uit de toekomst, is het de vraag of het inderdaad beter gaat op de manier die Doraemon had gepland.
Na de strijd die Eternia heeft verwoest, moeten Teela en een onverwachte alliantie het eind van het universum voorkomen in dit vervolg op de klassieker uit de jaren 80.
