Cross Game vertelt het verhaal van Kitamura Ko, een normale jongen uit de vijfde klas, zoon van de manager van een sportwinkel, en de vier Tsukishima-zussen die zijn buren zijn: er is de kleine Momiji, de oudere zus Ichijo, een bijna vervangende moederfiguur. van haar overleden moeder, de wildzanger Aoba met wie Ko altijd ruzie maakt en Wakaba, Ko's vriendin met wie ze zelfs de geboortedatum deelt. Het verhaal verschuift al snel naar de middelbare school, waar Ko een (bekwame) jeugdhonkbalspeler is.
Een moeder staat voor grote uitdagingen en wil eindelijk haar eigen dromen waarmaken. Ze meldt zich aan bij de universiteit, waar ze ook een nieuwe liefde vindt.
De 25-jarige Ya-nuo is opgevoed als jongen, maar de zus van een triadeleider heeft een oogje op haar. Wat zal er gebeuren als ze vertelt dat ze een vrouw is?
Het verhaal draait om de student Kousaku Hata, die een fervent fan is van het idool Yucatan. Wanneer ze echter haar pensionering aankondigt, is hij er kapot van. Ondertussen krijgt zijn klas echter een nieuwe leerling, die niemand minder is dan het idool Yucatan.
Toen een meisje op de middelbare school zijn klas binnenkwam, hem in het gezicht sloeg en zei dat hij moest sterven, ontwaakte Tarou Sado's masochistische inslag. Door zijn heftige reactie bleef dit echter niet onopgemerkt bij zijn klasgenoten en zo werd hij al snel een buitenstaander.
Nu, op de middelbare school, is er niets veranderd aan zijn masochisme en reageert zijn lichaam nog steeds onbedoeld gewelddadig zodra hij wordt geslagen of beledigd door het vrouwelijk geslacht. Tarou is hier allesbehalve blij mee, want hij is verliefd geworden op een meisje, maar vreest dat zijn masochistische kant zal uitbreken en dat ze hem daardoor weerzinwekkend zal vinden. Op aanraden van zijn vriend Tatsukichi wendt hij zich tot de '2nd Volunteer Club', waarvan de voorzitter Mio hem nu moet helpen zijn lichaam onder controle te krijgen.
