Geïnspireerd door de veelgeprezen graphic novel van Robert Rodi en Esad Ribic, neemt Thor & Loki: Blood Brothers van Marvel Knights Animation een krachtig kijkje in de hoofden van Thor & Loki, broers in het mythische land Asgard en schijnbaar eeuwige vijanden. Maar waarom haat Loki zijn broer Thor precies? En zou het kunnen dat deze meester van kattenkwaad niet echt de slechterik is die hij gebrandmerkt heeft? Loki's onverzadigbare machtswellust en zijn vete met Thor krijgen een nieuwe betekenis in dit resonerende epos.
Een zeppelin glijdt geruisloos over de stad. Deze stad, waar iedereen een bijzondere quasi-magische energie heeft, is de enige veilige plek voor Okano Makoto en zijn zus Hinata. Ze zijn er al jaren niet meer geweest, nu keren ze terug naar de stad en korte tijd later ontmoet Makoto zijn jeugdliefde Minamo.
Het verhaal draait om Takumi Harada, die tijdens de voorjaarsvakantie naar het bergachtige Okayama verhuist vanwege de overplaatsing van zijn vader. Takumi is een zeer goede werper (honkbalwerper), maar door zijn talent vindt hij de sport steeds minder leuk omdat geen enkele speler in zijn leeftijdscategorie hem kan bijhouden.
Kort daarna ontmoet hij zijn nieuwe klasgenoot Gou Nagakura, die heel graag met hem in een batterij (een combinatie van een werper en een catcher) wil spelen.