Shion no Ou volgt het verhaal van Yasuoka Shion, een 13-jarige Shougi-speler met een verleden van tragedie. Shions ouders werden voor haar ogen op brute wijze vermoord toen ze vijf jaar oud was. De moordenaar ging bij haar zitten en daagde haar uit voor een spelletje Shougi, nadat hij haar had verteld dat als ze in leven wilde blijven, ze moest vergeten hoe ze moest praten en moest vergeten wat er die nacht was gebeurd. Nu heeft Shion het rijk van de vrouwelijke pro Kishi betreden, stom maar sterk. Terwijl haar spel steeds meer aandacht krijgt, groeien ook de vragen over haar verleden en de brute moord waarvan ze getuige was. Shions herinneringen komen langzaam terug en het mysterie begint draadje voor draadje te ontrafelen.
