Cacao, een student aan de Micro-Grand Academy die magie studeert, speelt een belangrijke rol. Op een dag, terwijl zijn leraar magie, Ghana, een spreuk uitvoert om een boomgeest op te roepen, vindt Cacao chocolade en eet die op. Het blijkt 200 jaar oude magische chocolade te zijn. Na het eten van de chocolade raakt hij dronken en veroorzaakt een ramp. Tijdens deze spreuk verstoort hij Ghana's spreuk, waardoor de geest, Hinano, ontsnapt. Ze neemt plaats in het lichaam van een marionet, die vervolgens bij Cacao intrekt. De daaropvolgende afleveringen van Trouble Chocolate hebben nauwelijks een samenhangend verhaal. De serie is eerder een parodie op andere anime.De nagesynchroniseerde dialogen in Trouble Chocolate lijken vaak weinig tot niet op het originele script, in tegenstelling tot de normale conventie om de woorden zo direct mogelijk te vertalen als de verandering in lip synchronisatie toelaat.
| Visual Effects | 岩沢れい子 | Color Designer |
| Visual Effects | 氏家章雄 | Animation Director |
