Duel Masters LOST is een alternatieve versie van de anime-serie Duel Masters WIN uit 2022, die onderzoekt wat er zou zijn gebeurd als de protagonist, Win Kirifuda, was verslagen en daarbij zijn geheugen was kwijtgeraakt. Het verhaal speelt zich af in Shinjuku, tegen de achtergrond van een reeks mysterieuze verdwijningen. Wins sleur begint te veranderen met de komst van een mysterieuze nieuwe leerling genaamd Crysta...
