Breendonk draait rond Elisabeth (Anne-Laure Vandeputte) en Rik (Jolan De Bouw), twee dolverliefde jonge mensen. Beiden hebben een heel ander idee over hoe ze de oorlog moeten trotseren: Elisabeth gaat bij het verzet, Rik zou het liefst van al samen wegvluchten om hun toekomst veilig te stellen. In 1942, lang voor het einde van de oorlog in zicht is, worden ze brutaal van elkaar gescheiden na een mislukte actie van het verzet. Elisabeth moet onderduiken, terwijl Rik samen met zijn vader Leon (Koen De Bouw) terechtkomt in de gevreesde SS-strafgevangenis Breendonk, waar de vaak Vlaamse bewakers alles op alles zetten om het verzet te breken.