Yukinari is klein voor zijn leeftijd en wordt zijn hele leven gepest en misbruikt door meisjes. Nu hij op de middelbare school zit, heeft hij een zeldzame aandoening ontwikkeld: telkens wanneer meisjes hem aanraken of zelfs maar in de buurt komen, krijgt hij last van netelroos. Stel je zijn verbazing eens voor, wanneer hij plotseling wordt getransporteerd naar de stad Seiren in een mystieke wereld die onzichtbaar rond de aarde draait en bevolkt wordt door grote aantallen vrouwen en heel weinig mannen. Gelukkig heeft hij een nieuwe vriend, Miharu-chan, wiens aanraking op onverklaarbare wijze geen invloed op hem heeft.
Er zijn 4000 jaar verstreken sinds de mensheid de aarde verliet. Gedwongen om te vechten tegen een buitenaardse levensvorm, Gnosis, ontwikkelde de mensheid KOS-MOS - een gevechts-android met verbazingwekkende mogelijkheden. Wanneer een schip met Android wordt aangevallen, wordt KOS-MOS geactiveerd en wordt de maker ervan, Shion Uzuki, gered. Maar KOS-MOS wil haar orders niet op een rij zetten en voert een onbekend plan uit. Nadat hun schip is vernietigd, komen Shion en haar metgezellen midden in een gevecht terecht met Gnosis, de U-TIC Organization en hun eigen superieuren. Strijd zonder duidelijke kanten.
Sora Kashiwagi leidt een normaal studentenleven op de middelbare school, wanneer zijn 'avonturier'-vader hem een mummie stuurt van zijn reizen door Egypte! Sora heeft aanvankelijk weerstand tegen de brief van zijn gekke vader ('Ik heb een coole mama gevonden, dus ik besloot hem bij jou achter te laten, zoon!'), maar de mummie die uit de enorme kist tevoorschijn komt, is slechts 12 centimeter lang. -klein genoeg om in de palm van zijn hand te passen... Niet alleen dat, hij is verlegen, een huilbaby, en vooral, verdomd schattig. En dus houdt Sora uiteindelijk de mummie en noemt zijn nieuwe kleine maatje 'Mii-kun'. Maar leven met een mummie is misschien gemakkelijker gezegd dan gedaan...!