Niwa Daisuke is een gemiddelde tiener, tot zijn veertiende verjaardag. Hij probeert zijn liefde te verklaren aan het meisje van zijn dromen, maar dat mislukt. Wanneer hij aan dit meisje denkt, verandert hij plotseling in de legendarische fantoomdief die bekend staat als Dark Mousy. Daisuke's moeder, die zich hiervan zeer bewust is, zorgt ervoor dat hij in Dark verandert en waardevolle kunstwerken steelt voor een doel dat Daisuke onbekend is. Naarmate het verhaal zich ontvouwt, leert hij waarom, en over zijn klasgenoot die hetzelfde vermogen lijkt te hebben.
Zwaardsmid Amon komt per ongeluk een baby en zijn overleden moeder tegen in het bos. Hoewel hij aanvankelijk overweldigd is door de situatie, besluit hij uiteindelijk de jongen mee te nemen en hem zo van een wisse dood te redden. Tien jaar na deze noodlottige ontmoeting gaat de jongen uit die tijd, Gai, in de leer bij Amon. Tijdens het maken van een zwaard gebeurt er echter een tragisch ongeval waarbij Gai zijn rechterarm verliest. Amon besluit vervolgens een zwaard genaamd Shiryuu te gebruiken om een kunstarm voor Gai te maken. Zo begint het…