Een mysterieuze organisatie die bekend staat als Panther Claw maakt hun aanwezigheid kenbaar door Tokio te terroriseren en de politie op de vlucht te jagen. De politie is verbijsterd door de verschijning van een eenzame cosplayende burgerwacht die alle kwaadaardige plannen van Panther Claw dwarsboomt voordat hij verdwijnt. Die cosplayer is Honey Kisaragi, het resultaat van het experiment van wijlen professor Kisaragi. Honey is een meester in vermommingen en kan haar fysieke uiterlijk en outfits onmiddellijk veranderen. Maar met een druk op de hartvormige knop verandert ze zichzelf in Cutie Honey, de schaars geklede, zwaardzwaaiende krijger van liefde en gerechtigheid.
Miljardair Robert Terrell heeft een levenslange obsessie en schreef geschiedenis met 'meteorologische technologie' voor zijn Atmosferisch Onderzoeksinstituut. Maar tijdens een testparcours wordt er een ontploffing van energie gelanceerd in de ionosfeer met onverwachte resultaten tot gevolg. De experimenten brengen de planeet vernietigende orkanen, winden die constant van heet naar koud overschakelen, overweldigende regenval die hele gebieden isoleren en gebouwen die in ruïnes herschapen worden na explosieve bliksemstormen. Maar dit is nog maar het begin. Alleen één wetenschapper, Dr. Kirk Hafner, zet stappen om te eisen dat deze experimenten beeïndigd worden. Maar Terrell is onverschrokken en gaat verder met het pushen van zijn team. Hij wordt hierbij ondersteund door Generaal Braxton, die het als een belangrijk militair wapen ziet.
Een familie die bijna uit elkaar valt, krijgt een geavanceerde robot die wordt gezocht door een concern, rechercheurs van de afdeling moordzaken, en terroristen.
De geest Hanako-kun en zijn menselijke assistent, eerstejaarsstudent Nene Yashiro, bewaren de vrede tussen bovennatuurlijke krachten en de studenten van Kamome Academy. Als ze niet vechten om het evenwicht tussen de levende wereld en de geestelijke wereld te behouden, hoe besteden ze dan hun tijd? Ga met Hanako-kun en Nene mee op hun avonturen na school!