De vele tijdreizen door de jaren heen heeft ervoor gezorgd dat de muren van ruimte en tijd dun zijn geworden. Er is iets dringend aan de andere kant, iets dat wacht op zijn kans om iedereen en alles te doden, om ons allemaal in de schaduw te brengen. De zesde jaars van de "Four Coal Hill school" worden geconfronteerd met hun eigen grootste angsten, het navigeren door een leven van vrienden, ouders, schoolwerk, seks, verdriet en mogelijk het einde van het bestaan.
Een dorp herbergt geesten van vermiste, overleden mensen. Er vindt een zoektocht plaats om de vermiste lichamen te vinden en de waarheid achter hun verdwijning te ontdekken.
In jaar 14 van het Tenpo-tijdperk vallen Yoi, monsters uit een andere wereld Edo aan, degenen die tegen deze wezens vechten zijn leden van de Bansha Aratemesho. Bij iedereen staat Bansha Aratemsho bekend als een organisatie die buitenlandse boeken bestudeert, maar in werkelijkheid is het een organisatie die zich inzet voor de vernietiging van de Yoi. Deze krijgers heten Ayakashi, die informatie verzamelen over alle vreemde gebeurtenissen in het land, en worden gestuurd om de Yoi die verschijnen te vernietigen.