Welkom terug, Chibi Godzilla! Het favoriete kleine monster van iedereen heeft zijn terugkeer gemaakt met de nieuwe anime -serie Chibi Godzilla Raids Again!
Dr. Oki, de geniale wetenschapper die een nieuw type onderzeeër heeft ontworpen, ontbreekt. Zijn zoon, Susumu, ruikt een kwaadaardig plan van een onbekende groep. Hij weet alles van de onderzeeër van zijn vader genaamd 'Super 99': uitrusting, wapens, functies en capaciteit. Susumu denkt dat het vinden van zijn vader betekent dat je de geheime organisatie, Helmet Party, moet vinden en hun samenzwering moet stoppen. Met de hulp van zijn vrienden en het Korps Mariniers gaat hij op een onderwatermissie, niet wetende hoe gevaarlijk zijn onderneming is...
De democratische natie Patria werd opgericht op het continent Patria. Vanwege economische geschillen splitste het land zich op tussen het noorden en het zuiden, waardoor de Noordelijke Unie van Patria en de Zuidelijke Confederatie van Patria ontstonden, en ze voerden een lange burgeroorlog. Nu hun aantal afneemt, besluit het Noorden verboden technologie te gebruiken om het Zuiden te verslaan. Deze technologie verandert mensen in monsterachtige soldaten, waardoor ze bijna goddelijke krachten krijgen. En met die bevoegdheden kwam er een einde aan de lange oorlog en werd de vrede hersteld.