In een toekomst wordt de aarde gedecimeerd na de ontdekking van een mysterieus, buitenaards ruimtevaartuig genaamd 'Orphan'. Een groep onderzoekers doorzoekt de planeet op zoek naar de schijfplaten van Orphan met behulp van een mecha genaamd 'Antibodies' om het vaartuig nieuw leven in te blazen, een gebeurtenis die zou resulteren in de totale vernietiging van alle levensvormen op aarde. De hoofdrolspelers Yu Isami en Hime Utsumiya moeten een speciaal antilichaam genaamd 'Brain Powerd' gebruiken om de Orphan plannen tegen te gaan en de mensheid te redden.
In een verre toekomst, na een nucleaire oorlog, zijn er nog maar een paar steden op de wereld over. Eén daarvan is No. 6, waar mensen veilig en welvarend leven, geleid door een technocratische regering. De jongen Shion werd als tweejarige geselecteerd in een intelligentietest voor de toekomstige elite. Maar wanneer hij op zijn twaalfde verjaardag onderdak biedt aan een leeftijdsgenoot die zijn toevlucht zoekt bij zijn familie, wordt hij van de eliteschool gestuurd. Onderduiker Nezumi zou ondanks zijn leeftijd een zware crimineel zijn, en nu wordt ook Shion herhaaldelijk aangewezen als verdachte. Hij woont nu met zijn familie in een buurt van de minder toebedeelden, aan wie ook niet zoveel veiligheid voorbehouden is.
Erica Strange heeft tonnen spijt in haar jonge leven - zo veel dat ze een lijst is begonnen. Maar wanneer ze haar lijst deelt met haar therapeut, onderneemt hij een ongewone behandeling van behandeling: ze wordt terug in de tijd vervoerd en krijgt de kans om verschillende beslissingen te nemen op cruciale momenten in haar leven, gebaseerd op haar kennis van het hier en nu.
Chise en Shuji komen dichter bij elkaar en genieten van hun samenzijn, hoewel hun geluk samen niet lang duurt vanwege aanvallen op de stad. De oorlogszuchtige omstandigheden leiden ertoe dat Chise zijn bestaan als cyborg onthult. Als een sinistere vechtmachine in opdracht van de Japanse regering moet Chise de aarde redden.
Makoto, Adi en Chloe gaan naar een speciale trainingsschool waar ze trainen om de helden van de volgende generatie te worden. Helaas voor hen zijn het eigenlijk wetenschappelijke experimenten voor Hydra. Wanneer Adi en Chloe gevangen worden genomen door Hydra omdat ze de waarheid hebben ontdekt, gaat Makoto op zoek naar de enige groep waarvan hij denkt dat ze hen kunnen helpen: The Avengers. Nadat ze de kinderen hebben gered, besluiten The Avengers ze in huis te nemen en ze op te leiden tot de helden van de toekomst.