Het verhaal speelt zich af in een alternatieve wereld genaamd Geminar, waar landen eindeloze oorlogen hebben gevoerd met replica's van mensachtige Seikishi-wapens die ze in oude ruïnes hebben gevonden. De 15-jarige Kenshi Masaki, de halfbroer van Tenchi Muyo! hoofdrolspeler Tenchi Masaki wordt vanuit een andere wereld naar Geminar geroepen.
Mila en haar moeder Elis krijgen een verhitte discussie, die wordt onderbroken door de komst van de Operators. Elis vlucht, maar niet zonder Mila haar eigenaardige verjaardagscadeau achter te laten: een apparaat waarmee ze door het multiversum kan reizen.
Dit post-apocalyptische avontuur volgt een groep overlevenden terwijl ze naar het besmette Amerikaanse Midwesten reizen. Gebaseerd op de bekroonde podcast, bevat We're Alive: Frontier vijf nieuwe personages en talloze manieren om te sterven!